El jutge Juan Antonio Ramírez Sunyer, titular del jutjat d’instrucció 13 de Barcelona, investiga els preparatius pel referèndum de l’1 d’octubre. Les actuacions estan protegides pel secret de sumari, però, malgrat tot, han trascendit algunes de les diligències: interrogatori de directius de l’empreses que concursaven per a fabricar les urnes, interrogatori de funcionaris de la Generalitat i escorcoll de les dependències del Teatre Nacional de Catalunya (TNC) per recabar informació sobre l’acte de presentació de la Llei del Referèndum que hi va celebrar el 4 de juliol Junts pel Sí. En relació al TNC Ramírez Sunyer vol saber qui va fer la contractació, com es van fer els pagaments i si els diners emprats eren o no de les arques públiques.
El juny de 2005 aquest mateix magistrat va ordenar l’empresonament de tres manifestants que havien participat en una marxa solidària amb anarquistes italians
El magistrat que ara persegueix independentistes anys enrere va ser la bèstia negra d’anarquistes i okupes. L’any 2004, quan instruïa la causa per un atac amb artefactes incendiaris a la comissaria del Cos Nacional de Policia al carrer de Sants, va ordenar l’empresonament preventiu de dos joves de 18 i 19 anys de l’Hospitalet de Llobregat, malgrat no hi havia cap prova que els incriminés, només les declaracions dels agents de la Brigada Provincial d’Informació. Després de 60 dies a la presó de la Trinitat Vella l’Audiència de Barcelona en va ordenar l’alliberament. Segons va revelar l’aleshores advocat de la defensa, Jaume Asens, sobre la carpeta on s’emmagatzemava l’expedient del cas la secretària judicial hi havia posat un Post-It (paperet adhesiu), on s’hi llegia: “Per qualsevol dubte trucar a la Brigada d’Informació”. El judici va determinar la seva innocència, i un cop es va confirmar l’absolució en sentència ferma, l’Estat espanyol els va haver d’indemnitzar pel període de privació de llibertat.
El juny de 2005 aquest mateix magistrat va ordenar l’empresonament de tres manifestants que havien participat en una marxa solidària amb anarquistes italians. Els dos nois i la noia van passar setmanes rere les reixes de la Model i Wad-Ras. La mesura punitiva va desencadenar la crítica de la Comissió de Defensa dels Drets de la Persona del Col·legi d’Advocats, que ho va considerar “inèdit i desproporcionat”. Es dóna la paradoxa que l’acusació contra la noia no podia comportar una pena superior als 9 mesos de presó. És a dir, un cop jutjada i en cas de condemna no hauria d’ingressar a presó per manca d’antecedents.
El setembre de 2015 el jutge va obrir diligències contra Albert Batlle, Director General de la Policia, en relació a la xiulada contra l’himne espanyol al Camp Nou amb motiu de la final de la Copa del Rei
Més recentment Ramírez Sunyer va dictar una nova i polèmica presó preventiva. Va ser el cas de Sergi Rubia, un membre de la colla Castellers de Barcelona empresonat per la seva presumpta participació a les mobilitzacions en suport a Can Vies del mes de maig del 2014. Fou detingut per un sots-inspector del Servei d’Informació i Documentació de la Guàrdia Urbana de Barcelona i va passar 24 dies entre reixes. El jutjat penal va tombar la tesi de la fiscalia i del jutge d’instrucció, va restar credibilitat a la Guàrdia Urbana i va dictar una sentència absolutòria. Rubia, per el moment, no ha estat indemnitzat.
El setembre de 2015 el jutge va obrir diligències contra Albert Batlle, Director General de la Policia, pel presumpte delicte d’omissió del deure de perseguir delictes, en relació a la xiulada contra l’himne espanyol que es produir el 30 de maig d’aquell mateix any al Camp Nou amb motiu de la final de la Copa del Rei de futbol. En aquell mateix procediment el jutge va informar el Tribunal Superior de Justícia de Catalunya per si considerava pertinent imputar el president de la Generalitat, Artur Mas. A l’auto d’obertura de diligències el jutge assenyalava penalment a tot el públic del Camp Nou que havia participat de la xiudada, apuntant a la comissió dels possibles delictes d’injúries al Rei i d’ultratge als símbols de l’Estat espanyol.